長沼禅苑は、長沼公園に隣接した水と緑豊かな墓園です。曹洞宗自性院が地域社会に少しでもお役に立ちたいと念じて開いた新しい禅苑(霊園)です。

当寺は、文和３年(1354)曹洞宗明峰派の高僧宝山宗珍禅師を開山とし、外護の檀越冨樫左衛門誠白によって開基された。

お釈迦様から代々の祖師が、一器の水を、そっくりそのまま次の器に移すように、少しの間違いもなくお伝え下さった正法ー坐禅の悟りを受け継ぎ、身も心も坐禅に打ち込み、坐禅の心身そのままが仏であると悟ること。これが宗旨の本体であります。

開基・太田善兵衛政唯は、武蔵国の太田道灌の末裔で、父の資政は会津若松に住したが、政唯は故あって天王村(現潟上市)に下り、菊地吉之丈に寄遇し、のち船越（現男鹿市船越）に居を移した。

戦国期の開創で、末寺三か寺を有する古刹であるが、古記録や伝承がほとんど伝わっていない。このようなことから寺伝としては、開山である秋田・補陀寺九世草庵守瑞大和尚の遷化が永禄七年（１５６４）であることから、一応、永禄年間（１５５８～１５７０）の開創ととらえている。