慶長７年(1602)、本願寺の東西分派のおり、安八郡三塚の真徳寺（現大垣市・西派）栄寿は、不破郡平尾に真徳寺を別立して東派に属した。その後、栄寿は大垣城主石川忠総から寺地を寄進され、大垣市中町に掛所を創建した。これが大垣別院の始まりである。

西圓寺はその昔西美濃を訪れた当時４７歳の最澄（後の伝教大師）が創建した天台宗の寺院であった。

本寺の創始は保元二年(1157)三月、當国大野郡佃の庄古橋郷(現在の巣南町古橋)に、叡山北谷惣持院の僧｢了空｣が｢天台宗毘沙門堂專勝寺｣を建立。

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当寺の山号は金猊山と書いて“きんげいざん”と読みます。“猊”は獅子という意味です。