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平尾御坊願證寺は、浄土真宗開祖見眞大師親鸞聖人より第十代目本願寺第八世慧燈大師信證院蓮如上人(兼壽)の第六男信華院蓮淳法印權大僧都(兼譽)が勢州長島(現在の三重県桑名郡長島町)に永正年間(1504～1521)に開基創建されました。

このお寺は、推古天皇の時代、聖徳太子の子を供養するために太子直々の命により河野という所に建てられたのが始まりのようです。推古天皇勅号により清涼山圓城寺と号し法華宗を宗としておったと言います。やがて天台宗に改宗し、当院の末寺である葉栗山照高院（今の前渡）と共に繁栄していたそうです。

当寺の開基・正善の俗姓は、人皇５６代清和天皇の後胤・源三位頼政の末裔・服部源五左衛門の三男源兵衛なり。

大正8年7月に第18世住職　正顕　が『真光寺の歴史』として残した文章によると、「古くは天台宗門である熊野権現の社寺であったとされる。熊野権現は現在隣町の熊野町において熊野神社として実在する。