1600年代中頃、越中国下新川郡大家庄（おいのしょう）村・光栄寺の僧侶・釈浄念、釈浄珍の二人が能生で親鸞聖人の教えを布教。19世紀初頭頃、火災で全焼したものの、第11世住職・釈栄鳳坊が現在地に本堂を再建、約150年を経て現在に至る。

糸魚川市の焼山（活火山）のふもとに「砂場」という山村があります。その地に、文暦元年（1234年）に教俊という僧侶が、上宮山宝寿院という真言宗の精舎を創立したことに始まりました。

無量山浄覚寺は約４５０年前に火災に遭い、過去帳等が焼失したため、その詳細な記録は残念ながら失われています。下記の記録は、当時の住職の覚え書きとして残された寺伝を基にしたものです。

当寺は、当初、信州更級郡稲荷山(現在の長野県長野市）にあり日照山萬休寺と号し、信徒の帰依が篤かった。

承元々年（1207）、親鸞聖人越後後配流のご苦労を通しそのご縁をいただき、上越一円の門徒から建立が望まれ現在の地に東本願寺直轄の高田掛所(別院の前身)として幕府寺社奉行から設立を認められたのが享保15年（1730）東本願寺第17代真如上人の時。