当山は真宗大谷派に属し、荒居山法喜院高徳寺と号する。当山開基は了智法師である。了智法師は、江州佐々木の一族で初めは高野山にあり、のち親鸞聖人の法弟となった。信州栗邑に一寺を創建して正行寺とした。そののち代を経て上州荒居に移り荒居山高徳寺を建立した。

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武蔵の国豊島郡江戸の東部、戸崎町の瑞雲山念速寺は、代々我が東本願寺の法門の末寺であった。開基・賢秀法師は、三河国に生を受けた人である。師は、幕府の役人から寄進された土地に、この念速寺を開創 時に天和三年十二月十六日の事。また、これより先の寛永（1624～1642）寛文（1661～1662）年間、七高僧及び聖徳太子の尊像を製作申し上げた。

当山は浄土真宗御本山の本願寺第八代蓮如上人により、近江国堅田に創建され、本法院称徳寺と号したのがそもそもの始まりです。その後、正親町天皇により院家に勅許され、１６２７年には住僧教映が本願寺宣如の命により寺基を三河国大塚に移し、本法寺と称しました。 そして１７０５年に東京・小日向の地に移転し、現在に至っております。江戸時代に本法寺とその周辺が描かれた絵画があります。

證大寺の歴史は、続日本後記に、参議刑部卿小野岑守が承和二年（八三五年）に福岡県京都郡犀川町に病人や餓死する者の多い事を哀れみ、続命院という御堂を建立し、難民を救った事に端を発します。