雲龍山・大興寺は、天台宗横倉寺の末寺として延暦年間(782年～805年）に 建立され、当初現在の禅堂の位置に、金堂を中心として七堂伽藍を配した大寺 であったと伝えられる。

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平尾御坊願證寺は、浄土真宗開祖見眞大師親鸞聖人より第十代目本願寺第八世慧燈大師信證院蓮如上人(兼壽)の第六男信華院蓮淳法印權大僧都(兼譽)が勢州長島(現在の三重県桑名郡長島町)に永正年間(1504～1521)に開基創建されました。

慶長７年(1602)、本願寺の東西分派のおり、安八郡三塚の真徳寺（現大垣市・西派）栄寿は、不破郡平尾に真徳寺を別立して東派に属した。その後、栄寿は大垣城主石川忠総から寺地を寄進され、大垣市中町に掛所を創建した。これが大垣別院の始まりである。

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