創建当時は、整った伽藍と境内地を有していましたが令山禅師が八王子市山田町広園寺を開山し、そこへ移られると荒廃してしまい現在地より少し南の梅沢(花沢)という深谷に、しばらく寺名を継承していました。半世紀後、曹洞宗の空海禅如が諸国を巡錫中に、この伽藍の荒廃に嘆き、長禄元(1457)年に現在の初沢の地へ移転し傷んでいた伽藍を復興し通庵浩達大和尚を請来し、永正2(1505)年4月、臨済宗より改宗しました。

圓通寺はもと圓通庵といい、黄檗宗（おうばくしゅう）・弘福寺（墨田区）の開山・鉄牛道機和尚穏棲の地で、元禄年（1688～1703）に開創されたと伝えられていますが、その開創はややさかのぼり、鉄牛道機和尚が法弟・鉄関元参和尚に弘福寺を譲った貞享（じょうきょう）２年(1685）秋のことと思われます。

平成７年より境内整備にかかり本堂・庫裏・納骨堂・東司・永代供養墓・西門を順次建立,先に完成していた　山門・蓮華洞斎場・躑躅庵とあわせ平成１３年１１月に落慶致しました。

法輪山泰宗寺は曹洞宗（禅宗）に属し、ご本尊は薬師如来を安置しています。本山は福井県の大本山永平寺と鶴見の大本山総持寺です。泰宗寺は千葉県君津貞元村新御堂、最勝福寺の末寺で慶長年代攝津三田城主九鬼守隆の開基で江戸茅場町に建立されました。

「伝燈院」とは、もともと瑩山禅師（けいざんぜんじ）の御霊廟のことを指し、曹洞宗大本山「総持寺」祖院内でも最も崇敬すべき聖域のひとつであります。