当寺の開創年代については、天保１１年(1840)の荒町大火のため記録が焼失したため諸説あるが、慶長九年（1604）としている。これは、二十四世大乗宗晃大和尚が調べたものに拠れば、二世水天運大和尚（実質開山）が師の證岳宗徹大和尚（当寺開山・禅龍寺三世）が同年に示寂したことから、この年を創建年に当てたものと推測しているが、実質の開創は当然それ以前であろう。

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元亀四年即ち天正元年（1573年）、安蓮社良穏上人龍淵前空大和尚によって創建・開山されました。第十九世良威上人が残した創建由来書によると、本覚寺の創建は、牛魂供養に始まります。

妙福寺は、江戸時代、上杉謙信で有名な、上杉藩お狩り場の休息寺院として、権勢をふるっていた。また、江戸時代後期頃までは、八の房を持ちそれぞれ院代を置いていた。それが、明治以来３度の火災に遭い、長い間復興できずに、茅葺きの農家を改造し、妙福寺とした。ようやく、小さくとも、本堂と呼ばれる建物ができたのは、昭和４３年の年でした。

当寺は「縁結び」観音としても知られているほか、旧正月七日に行われる「鬼やらい」は「色力安穏」という人間の本願を祈念する行事として有名である。平成二十年（西暦2008年）に開山1300年祭をむかえます。