当院は釜石市街を一望にできる小高い丘にあります。「日ヶ沢」上にあることから、山号を日澤山と云います。寺号の仙寿院は、元は千葉県印旛郡弥富村月ヶ谷（現佐倉市）にあった寺院の塔中の小寺を移転したもので、そのまま寺号としていることから「院」となっています。

大正４年に本山孝勝寺貫主柘植日量上人が布教で東和町を訪れた際に菊池氏がこの地を奉納し、二間四面のお堂を建立したのが始まりです。土沢布教所、孝勝寺別院土沢立正教会を経て、昭和２１年第６世砂子田日国上人の代に本妙寺となりました。

妙好山雲際寺は、嘉祥3年（850）に慈覚大師円仁の開基による、天台宗関山中尊寺の前身である山岳寺院の別院でした。文治2年（1186）に源義経が主従十二人と正妻北の方と共に奥州平泉に下って来た際、北の方により当寺が再興されました。敗れて後、随身の僧より義経と北の方の位牌が安置されました。今日迄その位牌は当寺で脈々とお護りされております。